Prace doktorskie z historii mają charakter prac naukowych, w związku z czym muszą spełniać wszystkie wymogi stawiane tym pracom. Przede wszystkim muszą być wykonane zgodnie z obowiązującymi w danej nauce zasadami, nazywanymi metodami badawczymi. Przestrzeganie rygorów metodologicznych w badaniach naukowych na wszystkich trzech etapach procesu tworzenia pracy (gromadzenia materiału faktograficznego, analizy i syntezy danych, sprawdzania poprawności twierdzeń i wniosków z przeprowadzonych badań) jest niezbędne, ponieważ tylko wówczas możliwe jest uzyskanie prawdziwego obrazu badanej rzeczywistości, będącej wiernym odzwierciedleniem obiektywnie istniejących, niezależnie od badacza, rzeczy i procesów.
W pracy badawczej historyka droga do ustalenia faktów, za pomocą których rekonstruuje on badaną rzeczywistość, jest dość długa i nader skomplikowana. Z grubsza biorąc, dzieli się ona na dwa etapy. Pierwszy etap rozpoczyna się od zapoznania się z dotychczasowym dorobkiem naukowym danej dziedziny oraz obserwacji (badania) źródeł, czyli zabytków przeszłości pisemnych i materialnych. Dokonuje się wówczas oceny krytycznej zewnętrznej i wewnętrznej, czyli przeprowadza się procedurę badania autentyczności źródła i wiarygodności zawartych w nim informacji. Drugi etap, nazywany etapem ustalania faktów, poświęca się głównie procesowi odczytywania (dekodowania) i wydobywania zawartych w źródle informacji oraz ocenie ich wartości.
Na tej podstawie ustala się owe cegiełki, czyli fakty historyczne niezbędne do odtworzenia procesu dziejowego. W czasie tego procesu badawczego następuje przekształcenie autentycznych, wiarygodnych i obiektywnych informacji zawartych w źródłach faktów historycznych, w twierdzenia o tych faktach lub inaczej przekształcenie w fakty historiograficzne stanowiące cząstki, za pomocą których tworzy się rekonstrukcję badanej rzeczywistości. Historyk winien umieć z wydobytych informacji źródłowych i posiadanej wiedzy pozaźródłowej (czyli zakresu wiedzy dotąd zdobytej) zbudować twierdzenie o fakcie.
Ważną rzeczą jest ustalenie, czy odczytane w źródłach informacje właściwie oświetlają badany przez nas odcinek życia społecznego. Określony fakt źródłowy sprowadzamy na płaszczyznę procesu dziejowego (np. gospodarczą, społeczną, polityczną, ideologiczną itp.)
i badamy, jaką odegrał w nim rolę. Dochodzimy w ten sposób do ustalenia jego znaczenia, wynikłych przyczyn i skutków oraz powiązań z innymi faktami mającymi wpływ na rzeczywistość społeczną.Zamiana informacji źródłowych na twierdzenia o faktach, czyli przekształcenie faktu źródłowego w fakt historiograficzny, odbywa się łatwiej, kiedy w grę wchodzą wydobyte ze źródła fakty proste mówiące o nich bezpośrednio. Na przykład z prostego zapisu w księdze metrykalnej pod określoną datą konstruujemy zdanie: X urodził się … dnia … miesiąca … roku. Jeśli jednak mamy do czynienia z faktem złożonym, operacja przejścia z faktu historycznego (źródłowego) na fakt historiograficzny (twierdzenie o faktach) jest znacznie bardziej skomplikowana.
Nauka historyczna, podobnie jak inne nauki społeczne, wypracowała wiele metod dla ustalania faktów historiograficznych. Najprościej mówiąc, metoda jest pewnym sposobem poznawania. Według T. Kotarbińskiego metoda to „zespół czynności i środków zastosowanych w określony sposób dla osiągnięcia określonego celu” albo „sposób wykonania danego zadania praktycznego lub rozwiązania problemu teoretycznego”.
Metoda jest więc zbiorem wskazówek określających sposób postępowania w badaniach w danej dyscyplinie naukowej. W nauce historycznej pod pojęciem metody rozumiemy zasady i sposoby badań w celu poznania obiektywnej rzeczywistości. Metody to inaczej narzędzia pracy, za pomocą których historyk bada źródła, ustala zawarte w nich fakty historyczne, przetwarza te fakty na fakty historiograficzne i przy ich pomocy dokonuje rekonstrukcji procesu dziejowego.
W procesie badania naukowego wybieramy określony sposób postępowania, czyli metodą spośród znanych nam metod badawczych, najbardziej przydatną ze względu na temat, treść czy możliwość zastosowania określonego sposobu do rozpatrywanego problemu rzeczywistości dziejowej. Najczęściej będzie to nie jeden, lecz wybrany zespół metod badawczych.
Także doktorant przy pomocy promotora musi ustalić, jaką metodę badawczą, czy kombinację metod będzie stosował, aby mógł uzyskać względnie pełną odpowiedź na postawione w tytule pracy pytanie.
Najogólniej rzecz biorąc, metody badawcze można podzielić na dwie duże grupy: metody ogólne mające powszechne zastosowanie i metody szczegółowe używane w określonej dziedzinie badań. Do pierwszych zaliczymy metody: indukcyjną, dedukcyjną, analityczną i syntetyczną, do drugich metody: filologiczną, geograficzną, genealogiczną, porównawczą, progresywną, retrogresywną oraz metodę statystyczną.